1號展覽廳 - 歷代防務建置

本展廳敘述歷代王朝統治下的香港海防建置，包括唐朝以來屯門的防務角色；宋帝昰及宋帝昺南逃來港事跡；元代駐軍的情況；以及明、清兩朝的一些香港海防工事。
 

2號展覽廳 - 不平等條約與香港割佔

我們將帶領你穿越19世紀的香港，在列強侵華的背景下，英國通過戰爭手段，分三個階段奪取香港島、九龍半島和昂船洲，以及新界和離島，即今日「香港」的範圍。
 

3號展覽廳 - 軍事布局

本展廳敘述一個多世紀以來英國在香港的防衛布局，包括開埠初年的軍事建置、香港對維持英國遠東利益的重要性、19世紀末至20世紀初海岸炮台的變化、英國應對日本入侵的準備工作，以及二戰後為鞏固香港防務而作出的安排。
 

4號展覽廳 - 海港設施

香港扼守珠江口，是往東南海域必經之地，英軍覬覦香港的海上戰略價值，把香港發展成海軍基地。本展廳將闡述相關歷史背景，並介紹長期靠泊在維多利亞港內的醫療船和基地船、為艦艇提供維修和補給的船塢，以及介紹曾到訪香港的著名軍艦等。

5號展覽廳 - 義勇軍

本展廳回顧義勇軍於1854年初創至1995年解散期間的故事，探究義勇軍的起源、任務、貢獻，以及義勇軍傳承的團隊精神。

6號展覽廳 - 多元族裔的軍人

本展廳將介紹一個由英國人、華人、印度人和尼泊爾人等多個族裔共同駐守香港的時代，透過軍事歷史文物、檔案及個人軼事等訴說多元族裔駐軍的故事。

7號展覽廳 - 聲影說抗戰

1931年的九一八事變，揭開了中國人民抗日戰爭的序幕；港人以各種方式支援抗戰，東江縱隊港九獨立大隊奮力抗擊侵略者，迎來最後勝利。本展廳透過多媒體展品，以聲影訴說侵華歷史和香港在抗日戰爭的歷程，向抗日英烈致敬。

8號展覽廳 - 日軍侵華．攜手抗敵

自1930年代初起，日本軍國主義者加緊侵略中國，終至1937年發動全面戰爭；1938年廣州淪陷，香港面對日軍隨時南下的威脅。1939年歐戰爆發，香港在1941年12月失守前，仍為戰事作出不少貢獻。

9號展覽廳 - 日軍侵港

本展廳將環繞香港在1941年香港保衛戰爆發前的備戰狀態、保衛戰的經過，以及戰俘的遭遇。

10號展覽廳 - 抗日游擊隊與敵後活動

本展覽廳講述日佔時期香港的地下抵抗活動，以及盟軍反攻香港的過程；從中了解香港作為敵後戰場的重要性。

11號展覽廳 - 中國人民解放軍駐香港部隊

本展廳介紹中國人民解放軍駐香港部隊（駐香港部隊）。自1997年7月起，駐香港部隊從英軍接管香港的軍事設施，成為香港的駐軍。

鯉魚門砲台展覽廳

本展廳介紹於1887年在鯉魚門海峽建成的海岸炮台的故事，包括探討英軍在此處興建要塞的原因、守軍的生活點滴，以及炮台於1941年被日軍侵襲的經歷，以及戰後發展至現今已改建為香港海防博物館。